Αυτεπάγγελτη ποινική έρευνα διενεργεί η Εισαγγελία Πρωτοδικών για την υπόθεση της διακοπής λειτουργίας του server στο ΕΚΠΑ, προκειμένου να εντοπιστούν τυχόν αυτεπαγγέλτως διωκόμενα αδικήματα καθώς και υπαίτιοι για το περιστατικό.
Στο πλαίσιο της έρευνας αναζητείται το ενδεχόμενο διάπραξης των αδικημάτων της παρακώλυσης λειτουργίας πληροφοριακών συστημάτων καθώς και της φθοράς ψηφιακών δεδομένων.
Έτσι θα αναζητηθούν στοιχεία για ζημιά που ενδέχεται να προκλήθηκε, αλλά και την έκταση της, στην λειτουργία των πληροφοριακών συστημάτων του Ιδρύματος και παράλληλα θα εντοπιστούν όλα τα πρόσωπα που είχαν πρόσβαση σε αυτά.
Η έρευνα θα διενεργηθεί, υπό εισαγγελική εποπτεία, από την Διεύθυνση Δίωξης Ηλεκτρονικού Εγκλήματος. Η εντολή του Εισαγγελέα είναι, μεταξύ άλλων, να ληφθούν καταθέσεις εκπροσώπων των πρυτανικών αρχών και να αποσταλεί στην Εισαγγελία αντίγραφο της Ένορκης Διοικητικής Εξέτασης που ανακοινώθηκε πως διενεργείται για το περιστατικό.
Η διενέργεια της έρευνας δρομολογήθηκε από όταν δημοσιοποιήθηκε η υπόθεση. Σύμφωνα με πληροφορίες οι εισαγγελικές αρχές σε πρώτο στάδιο ανέμεναν έγγραφη αναφορά για το θέμα, ωστόσο στην συνέχεια αποφάσισαν να κινηθούν αυτεπάγγελτα.